COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 20.667230 20.667230 21.927797
2021-04-02 17:00:00 21.055057 21.055057 21.933598
2021-04-01 17:00:00 23.412765 23.412765 21.859374
2021-03-31 17:00:00 22.449849 22.449849 21.687226
2021-03-30 17:00:00 17.836899 21.264656 21.487449
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 21.358104
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 21.248671

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 12.661790 12.661790 15.874423
2021-04-02 17:00:00 21.632653 13.877551 16.496426
2021-04-01 17:00:00 19.710145 19.710145 16.528832
2021-03-31 17:00:00 19.076549 19.076549 16.549747
2021-03-30 17:00:00 8.533185 8.533185 16.502133
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 16.330732
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 16.391586

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 15.719064 15.719064 22.856561
2021-04-02 17:00:00 23.748212 23.748212 22.848519
2021-04-01 17:00:00 27.675841 27.675841 22.680031
2021-03-31 17:00:00 24.587459 24.587459 22.537513
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 22.403525
2021-03-29 17:00:00 14.864865 21.404682 22.208174
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 21.970585

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 12.434083 12.434083 12.762473
2021-04-02 17:00:00 13.255416 13.255416 12.868149
2021-04-01 17:00:00 14.277899 14.277899 13.032492
2021-03-31 17:00:00 12.192551 12.192551 13.064278
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 13.034729
2021-03-29 17:00:00 14.075630 6.871795 13.073520
2021-03-28 17:00:00 17.239755 17.239755 13.218805

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 15.926767 15.926767 15.483645
2021-04-02 17:00:00 15.213372 15.213372 15.408763
2021-04-01 17:00:00 15.429821 15.429821 15.303803
2021-03-31 17:00:00 17.536534 17.536534 15.068602
2021-03-30 17:00:00 16.452254 14.838663 14.974613
2021-03-29 17:00:00 17.882821 15.124621 14.889602
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 14.836135

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 50.881684 50.881684 47.533902
2021-04-02 17:00:00 47.780679 47.780679 47.879892
2021-04-01 17:00:00 47.170795 47.170795 47.622904
2021-03-31 17:00:00 34.935522 34.935522 46.993155
2021-03-30 17:00:00 36.669756 36.669756 46.736554
2021-03-29 17:00:00 80.311502 80.311502 47.312422
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 47.361244

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 14.932276 14.932276 16.626618
2021-04-02 17:00:00 16.239316 16.239316 16.983612
2021-04-01 17:00:00 18.997361 18.997361 17.396936
2021-03-31 17:00:00 18.543046 18.543046 17.575156
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 17.740428
2021-03-29 17:00:00 25.315391 9.528332 18.106960
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 18.401821

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 7.710490 7.710490 9.004041
2021-04-02 17:00:00 10.559348 10.559348 9.033816
2021-04-01 17:00:00 9.579902 9.579902 9.073916
2021-03-31 17:00:00 9.402424 9.402424 9.042454
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 9.033554
2021-03-29 17:00:00 14.217673 7.312624 8.941473
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 8.900206

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 18.088871 18.088871 16.125475
2021-04-02 17:00:00 18.266254 18.266254 16.182786
2021-04-01 17:00:00 21.933889 14.813099 16.269264
2021-03-31 17:00:00 13.841706 13.841706 16.259532
2021-03-30 17:00:00 12.535247 18.024327 16.147514
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.472243 15.925324
2021-03-28 17:00:00 20.459290 14.567075 15.793295

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 37.420757 37.420757 36.156823
2021-04-02 17:00:00 34.953437 34.953437 36.169326
2021-04-01 17:00:00 34.865453 34.865453 36.127423
2021-03-31 17:00:00 35.458633 35.458633 35.924352
2021-03-30 17:00:00 44.753044 44.753044 35.689241
2021-03-29 17:00:00 30.834050 34.971175 34.662880
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 34.202582

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 19.449110 19.449110 19.284041
2021-04-02 17:00:00 21.563432 21.563432 19.461425
2021-04-01 17:00:00 17.613020 17.613020 19.499168
2021-03-31 17:00:00 23.377752 23.377752 19.536663
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 19.414184
2021-03-29 17:00:00 31.266846 19.396985 18.933505
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 19.019764

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 5.871886 5.871886 5.352155
2021-04-02 17:00:00 9.717314 9.717314 5.416875
2021-04-01 17:00:00 7.003891 7.003891 5.246786
2021-03-31 17:00:00 3.074141 3.074141 5.174690
2021-03-30 17:00:00 0.892857 0.358744 5.179102
2021-03-29 17:00:00 9.740260 2.712477 5.232505
2021-03-28 17:00:00 8.433735 5.381166 5.405463

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 11.310452 11.310452 8.695685
2021-04-02 17:00:00 9.109449 9.109449 8.734698
2021-04-01 17:00:00 7.563025 7.563025 8.671776
2021-03-31 17:00:00 8.146640 8.146640 8.680355
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 8.611899
2021-03-29 17:00:00 13.833992 8.661926 8.599779
2021-03-28 17:00:00 7.596154 7.596154 8.758732

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 38.837920 38.837920 46.145917
2021-04-02 17:00:00 42.696629 42.696629 47.027206
2021-04-01 17:00:00 54.054054 54.054054 48.154870
2021-03-31 17:00:00 52.380952 52.380952 49.642052
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 50.077168
2021-03-29 17:00:00 40.776699 40.776699 49.706629
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 50.080482

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 23.169935 23.169935 25.389473
2021-04-02 17:00:00 24.390857 24.390857 25.527692
2021-04-01 17:00:00 27.624546 27.624546 25.526719
2021-03-31 17:00:00 25.169770 25.169770 25.738408
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 25.642886
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.240605
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 25.254963

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 53.846154 53.846154 40.171806
2021-04-02 17:00:00 37.150127 37.150127 39.905316
2021-04-01 17:00:00 46.323817 46.323817 39.715373
2021-03-31 17:00:00 36.488748 36.488748 38.975389
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 38.339188
2021-03-29 17:00:00 22.599195 56.411731 38.809782
2021-03-28 17:00:00 88.209176 35.027917 38.971707

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 8.721085 8.721085 10.456567
2021-04-02 17:00:00 12.327339 12.327339 10.392760
2021-04-01 17:00:00 9.244140 9.244140 10.344145
2021-03-31 17:00:00 12.371134 12.371134 10.155279
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 10.003843
2021-03-29 17:00:00 12.528648 12.528648 9.810905
2021-03-28 17:00:00 9.575185 9.575185 9.599462

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 57.843697 57.843697 28.163729
2021-04-02 17:00:00 64.079706 64.079706 25.478458
2021-04-01 17:00:00 60.471698 43.584906 23.333695
2021-03-31 17:00:00 57.610193 30.819559 21.527916
2021-03-30 17:00:00 NaN 16.799850 20.041400
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 18.668703
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 17.601563

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 14.300971 14.300971 13.916605
2021-04-02 17:00:00 14.523557 14.523557 13.859017
2021-04-01 17:00:00 14.721545 14.721545 13.830932
2021-03-31 17:00:00 14.959634 14.959634 13.672294
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.546018
2021-03-29 17:00:00 18.493027 9.930941 13.370233
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 13.289654

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 15.251799 24.172662 21.200356
2021-04-02 17:00:00 23.304562 23.304562 20.500378
2021-04-01 17:00:00 22.924901 22.924901 20.381760
2021-03-31 17:00:00 21.121252 21.121252 20.366551
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 19.921274
2021-03-29 17:00:00 38.888889 6.388527 19.298704
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 19.165633

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 19.750000 19.750000 16.607179
2021-04-02 17:00:00 24.210526 24.210526 16.594184
2021-04-01 17:00:00 11.158798 11.158798 16.713531
2021-03-31 17:00:00 13.080169 13.080169 16.926865
2021-03-30 17:00:00 13.571429 13.571429 16.581058
2021-03-29 17:00:00 44.262295 8.282209 16.635348
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 16.527381

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-03 17:00:00 26.626917 26.626917 25.042259
2021-04-02 17:00:00 18.752992 18.752992 25.570852
2021-04-01 17:00:00 32660.000000 29.160714 25.878315
2021-03-31 17:00:00 43.932499 30.963216 26.306875
2021-03-30 17:00:00 20.113920 20.113920 26.897726
2021-03-29 17:00:00 17.304493 17.304493 27.744134
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 28.248893

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.661790 12.661790 15.874423
Basilicata 15.719064 15.719064 22.856561
Calabria 12.434083 12.434083 12.762473
Campania 15.926767 15.926767 15.483645
Emilia-Romagna 50.881684 50.881684 47.533902
Friuli Venezia Giulia 14.932276 14.932276 16.626618
Lazio 7.710490 7.710490 9.004041
Liguria 18.088871 18.088871 16.125475
Lombardia 37.420757 37.420757 36.156823
Marche 19.449110 19.449110 19.284041
Molise 5.871886 5.871886 5.352155
P.A. Bolzano 11.310452 11.310452 8.695685
P.A. Trento 38.837920 38.837920 46.145917
Piemonte 23.169935 23.169935 25.389473
Puglia 53.846154 53.846154 40.171806
Sardegna 8.721085 8.721085 10.456567
Sicilia 57.843697 57.843697 28.163729
Toscana 14.300971 14.300971 13.916605
Umbria 15.251799 24.172662 21.200356
Valle d'Aosta 19.750000 19.750000 16.607179
Veneto 26.626917 26.626917 25.042259

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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